南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院的前身為中央大學(xué)醫(yī)學(xué)院，創(chuàng)建于1935年，1949年解放后改名為南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院，1951年劃歸部隊(duì)系統(tǒng)，1987年經(jīng)教育部（原國(guó)家教委）批準(zhǔn)重建，成為教育部直屬的第一所綜合性大學(xué)七年制醫(yī)學(xué)院。2012年入選教育部卓越醫(yī)生培養(yǎng)計(jì)劃-拔尖創(chuàng)新人才培養(yǎng)計(jì)劃，開(kāi)始試辦八年制醫(yī)學(xué)教育，目標(biāo)是培養(yǎng)杰出的領(lǐng)導(dǎo)型臨床學(xué)家和醫(yī)學(xué)科學(xué)家，辦學(xué)理念和人才培養(yǎng)獨(dú)具特色。現(xiàn)設(shè)臨床醫(yī)學(xué)（八年制）、臨床醫(yī)學(xué)（5+3一體化）和口腔醫(yī)學(xué)（五年制）三個(gè)專業(yè)。現(xiàn)有臨床醫(yī)學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)、口腔醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)和臨床醫(yī)學(xué)博士后流動(dòng)站，其中普通外科學(xué)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，臨床醫(yī)學(xué)為江蘇省重點(diǎn)學(xué)科。美國(guó)科技信息所的ESI數(shù)據(jù)庫(kù)最新統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示：醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)學(xué)科進(jìn)入全球排名前1%，是南京大學(xué)16個(gè)進(jìn)入全球前1%的學(xué)科之一。

以南京鼓樓醫(yī)院、南京軍區(qū)南京總醫(yī)院（金陵醫(yī)院）、南京口腔醫(yī)院和泰康仙林鼓樓醫(yī)院作為附屬醫(yī)院，并以南京市各專科醫(yī)院作為教學(xué)醫(yī)院，師資力量雄厚，現(xiàn)有中國(guó)工程院院士2人，博士生導(dǎo)師105人，教授116人，副教授150人。近三年獲國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、二等獎(jiǎng)1項(xiàng)，獲教育部高等學(xué)校科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)5項(xiàng)、二等獎(jiǎng)2項(xiàng)。近三年獲國(guó)家重大科研項(xiàng)目8項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金204項(xiàng)，總累計(jì)科研經(jīng)費(fèi)約1.7億元。

憑借南京大學(xué)雄厚的自然科學(xué)基礎(chǔ)，濃郁的學(xué)術(shù)和人文氛圍，本院尤其注重加強(qiáng)學(xué)生的基礎(chǔ)理論、創(chuàng)新思維及科研能力和人文素質(zhì)的培養(yǎng)，教學(xué)內(nèi)容反映現(xiàn)代水平，并開(kāi)設(shè)大量與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)理論和臨床有關(guān)的通識(shí)通修課，使學(xué)生既具有廣博而堅(jiān)實(shí)的生命科學(xué)和自然科學(xué)基礎(chǔ)，又掌握現(xiàn)代醫(yī)學(xué)理論和必要的臨床知識(shí)與實(shí)踐機(jī)能。

國(guó)際交流頻繁，與澳大利亞西澳大學(xué)醫(yī)學(xué)院、香港中文大學(xué)醫(yī)學(xué)院等簽署學(xué)生交流協(xié)議，每年遴選優(yōu)秀學(xué)生赴上述大學(xué)醫(yī)學(xué)院進(jìn)行為期3月和5周的交流。

除了學(xué)校的各類獎(jiǎng)、助學(xué)金外，本院專設(shè)有“吳階平基金會(huì)優(yōu)秀貧困大學(xué)生助學(xué)專項(xiàng)基金”和“校友助學(xué)專項(xiàng)基金”等助學(xué)金，資助品學(xué)兼優(yōu)、家境貧寒的學(xué)生完成學(xué)業(yè)；還專設(shè)有“香港孫明杰基金會(huì)威爾曼優(yōu)秀研究生獎(jiǎng)學(xué)金”，獎(jiǎng)勵(lì)優(yōu)秀研究生。

建院三十周年來(lái)，南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院已培養(yǎng)二十三屆畢業(yè)生，這些畢業(yè)生絕大多數(shù)在全國(guó)各大城市的三級(jí)甲等醫(yī)院中從事臨床工作，在工作中都有出色的表現(xiàn)，其中一部分在業(yè)務(wù)上已有所建樹(shù)或成為所在單位的骨干。用人單位在評(píng)價(jià)南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院的畢業(yè)生時(shí)一致認(rèn)為：該院畢業(yè)生基礎(chǔ)扎實(shí)、思維敏捷、知識(shí)面寬、外語(yǔ)好、計(jì)算機(jī)能力強(qiáng)，有較強(qiáng)的研究能力和創(chuàng)新能力，并十分關(guān)注醫(yī)學(xué)發(fā)展的前沿動(dòng)態(tài)，在醫(yī)學(xué)臨床和研究領(lǐng)域有很強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)力。